Më 10 Maj 1958, me vendim të Qeverisë hapet në rajonin e Rrapit të Treshit, në Tiranë, Shkolla e Lartë Ushtarake.

Këshilli i Ministrave, me vendim nr. 381, datë 28.10.1961 vendosi që mbi bazën e Shkollës së Lartë Ushtarake të krijohet Akademia Ushtarake me program 3-vjeçar.

Ndërtesa aktuale e Akademisë është e ndërtuar në vitet ’30 të shek. XX dhe në  vitin 1966 Akademia vendoset në këtë godinë.

Gjatë gjithë veprimtarisë së saj, Akademia e Mbrojtjes, ka treguar vlera dhe ka luajtur rol parësor në përgatitjen dhe kualifikimin e ushtarakëve të lartë që kanë drejtuar strukturat ushtarake shqiptare. Akademinë e kanë drejtuar ushtarakë të aftë e të zotë të cilët kanë përballuar sfidat e kohërave, duke i dhënë dinamizëm dhe vendin e duhur në strukturat ushtarake, por dhe në arsimin e lartë kombëtar.

Drejtuesit ushtarakë në vite kanë qenë: Gjeneralmajor Thoma Xhixho, Gjeneralmajor Spiro Shalësi, Gjeneralmajor Ernest Jakova, Kolonel Kolin Mborja, Gjenerallejtënant Vaskë Gjino, Kolonel Mendu Tetova, Gjeneralmajor Vehbi Hoxha, Prof. Spiro Adhami, Gjeneralmajor Prof. Dr. Kostaq Karoli, Kolonel Halim Abazi, Gjeneral Brigade Dr. Ali Koceku, Gjeneralmajor Prof. Dr. Ruzhdi Gjatoja, Kolonel Dr. Flamur Skraparlliu, Kolonel Selim Shiroka, Kolonel Dhori Spirollari, Kundëradmiral Dr. Kudret Çela.
Aktualisht Komandant i Akademisë së Mbrojtjes „Spiro Moisiu“ është Kolonel Nexhbedin Shehu.
Në vite Akademia ka hedhur hapa cilësorë duke u shndërruar në një qendër studimore shkencore të përpunimit dhe të mendimit ushtarak bashkëkohor e doktrinor. Forcimi i lidhjeve dhe bashkëpunimi me institucionet shkencore të vendit dhe të huaja, ka mundësuar përmirësimin e kurrikulumit duke e harmonizuar tematikën e programeve mësimore me akademi homologe perëndimore. Akademia ka ndjekur në vijimësi zhvillimet e ndodhura në FA duke reformuar misionin, strukturën dhe programet e saj.
Në vitin 1973 Akademisë i jepet e drejta për dhënien e gradave shkencore për kualifikimin e personelit mësimdhënës. Nga viti 1984 e deri sot në Akademinë e Mbrojtjes janë mbrojtur mbi 130 doktoratura nga kuadro të fushave të ndryshme, shumica e të cilëve pedagogë e punonjës shkencorë, midis tyre dhe “Profesorë të Asocuar” e “Profesorë”. Në fushën e kualifikimit shkencor Akademia e Mbrojtjes me ligj, ka të drejtën të organizojë: Studime të thelluara pasuniversitare në fushën e Sigurisë e të Mbrojtjes “Master”, organizimin e doktoraturës, klasifikimin e punonjësve shkencorë.

Për realizimin e misionit Akademia bashkërendon punën e saj me institucionet e larta arsimore civile, strukturat e Shtabit të Përgjithshëm, Komandat e Forcave. Institucioni vazhdimisht është reformuar në formë e përmbajtje. Në vitin 1992 Akademia Ushtarake u quajt Akademia e Shtabit të Përgjithshëm dhe nga viti 1994 mori emrin Akademia e Mbrojtjes.

Më 4 prill 1995 u çel për herë të parë Kolegji i Mbrojtjes me mision: formimin e koncepteve koherente mbi komponentet e njësuar teorikë e metodologjikë të Sigurisë e të Mbrojtjes. Në këtë kolegj u përgatitën dhe u kualifikuan ushtarakë e civilë, politikanë e gazetarë.

Në vitin 1996 u hap Kursi Themelor i Oficerit të Shtabit mbi bazën e programeve të mbështetura nga vendet e NATO-s dhe kryesisht nga Gjermania.

Akademia vlerësohet si një nga qendrat më të rëndësishme kombëtare të përpunimit të ideve dhe të politikave në fushën e Sigurisë dhe të Mbrojtjes. Në vitin 1998 rihapet Kursi i Shtabit të Përgjithshëm me sistem 2-vjeçar. Në këtë vit Akademia e Mbrojtjes u bë anëtare me të drejta të plota e Konsorciumit të Akademive të Mbrojtjes dhe të Instituteve të Studimeve të Sigurisë të vendeve anëtare të NATO-s dhe PfP.

Në vitin 2004 Akademia e Mbrojtjes mori emrin “Spiro Moisiu”.

Në Akademinë e Mbrojtjes më datë 17. 09. 2007 u hap Kursi i Lartë për Sigurinë dhe Mbrojtjen (KLSM). Ky kurs u zhvillua për kualifikimin e drejtuesve ushtarakë me grada të larta si dhe civilë në poste drejtuese nga vendi ynë dhe vende të tjera të rajonit.

Akademia ka vijueshmëri dhe përputhje të plotë me politikën e re të arsimimit të FA e në reformimin perëndimor. Ajo shihet si pjesë e ndryshimeve dhe transformimeve të FA, pjesë e përpjekjeve dhe aspiratave të integrimit të Shqipërisë në NATO. Ajo bashkëpunon me institucionet arsimore brenda dhe jashtë vendit si Universiteti i Tiranës, Universitetet e rretheve, Ministrinë e Arsimit dhe Shkencës, Qendën “Marshall”, Akademinë e Drejtimit të Hamburgut, Universitetin e Kolorados, CASD si dhe akademitë e kolegjet e vendeve anëtare të NATO-s. Në këto vite në AM kanë lektuar dhe kanë qenë pjesë e procesit mësimor profesorë e ushtarakë të lartë nga vendi ynë e nga vende të ndryshme si: SHBA, Gjermani, Angli, Itali, Greqi, Turqi, Maqedoni, Rumani, Bullgari, etj.

Aktualisht, Akademia e Mbrojtjes funksionon si një strukture e arsimimit dhe kualifikimit pasuniversitar me katër departamente: të Strategjisë dhe Historisë, të Operacioneve, të Shkencave Shoqërore dhe të Udhëheqjes Ushtarake, të cilave u bashkëngjitet dhe Qendra e Doktrinës dhe Manualeve.
Aktualisht në Akademinë e Mbrojtjes zhvillohen këto kurse: Kursi Themelor i Oficerit të Shtabit (KTHOSH), Kursi i Shërbimeve (KSH), Kursi i Komandës dhe Shtabit të Përgjithshëm (KKSHP), Kursi i Lartë i Oficerit (KLO), Kursi i Lartë për Sigurinë dhe Mbrojtjen (KLSM) dhe kurse të tjera afatshkurta sipas nevojave të FA. KKSHP dhe KLO ofrojnë studime të nivelit Master në fushën e Mbrojtjes dhe Sigurisë.