Akademia e Mbrojtjes u krijua me Vendim të Qeverisë Nr. 136, më datë 10 maj 1958, në Tiranë, në rajonin e Rrapit të Treshit u hap Shkolla e Lartë Ushtarake. Shkolla mbante numrin konvencional: Reparti Ushtarak Nr. 2002

Këshilli i Ministrave me vendim Nr. 381, datë 28 tetor 1961 vendosi mbi bazën e Shkollës së Lartë Ushtarake të krijohet “Akademia Ushtarake e RPSH” me program tre vjeçar.

Me vendim të posaçëm të Këshillit të Ministrave të RPSH, më datë 5 janar 1963, Akademia Ushtarake merr emrin Akademia Ushtarake “Mehmet Shehu”.

Me vendim të Këshillit të Ministrave Nr. 465, datë 24 dhjetor 1991 institucioni u emërua Akademia e Shtabit të Përgjithshë

Në vendimin e Këshillit të Ministrave Nr. 37, datë 7 shkurt 1994 Akademia u riemërua Akademia e Mbrojtjes e Republikës së Shqipërisë.

Godina aktuale e Akademisë është ndërtim italian i viteve ’37-’40 të Shek. XX.  Në vitin 1966 Akademia vendoset në këtë godinë që është edhe sot.

Drejtuesit ushtarakë në vite kanë qenë: Gjeneralmajor Thoma Xhixho, Gjeneralmajor Spiro Shalësi, Gjeneralmajor Ernest Jakova, Kolonel Koli Mborja, Gjenerallejtënant Vaskë Gjino, Kolonel Mendu Tetova, Gjeneralmajor Vehbi Hoxha, Prof. Spiro Adhami, Gjeneralmajor Prof. Dr. Kostaq Karoli, Kolonel Halim Abazi, Gjeneral Brigade Dr. Ali Koceku, Gjeneralmajor Prof. Dr. Ruzhdi Ramadani (Gjatoja), Kolonel Dr. Flamur Skraparlliu, Kolonel Selim Shiroka, Kolonel Dhori Spirollari, Kundër Admiral Dr. Kudret Çela, Kolonel Nexhbedin Shehu, Kolonel Prof. As. Dr. Kristaq Xharo.

Nga muaji gusht i vitit 2011  Komandant i Akademisë së Mbrojtjes “Spiro Moisiu” është Kolonel Perikli Koliqi.

Në vite Akademia ka hedhur hapa cilësorë duke u shndëruar në një qendër studimore shkencore të përpunimit dhe të mendimit ushtarak bashkëkohor e doktrinor. Forcimi i lidhjeve dhe bashkëpunimi me institucionet shkencore të vendit dhe të huaja, ka mundësuar përmirësimin e kurrikulumit duke e harmonizuar tematikën e programeve mësimore me akademi homologe perëndimore. Në vijimësi është reformuar në strukturë, emërtim e në procesin mësimor, në përputhje me misionin e saj nga koha në kohë.

Në vitin 1973 Akademisë i jepet e drejta për dhënien e gradave shkencore për kuadrot e ushtarakë e më pas (1975) Akademia Ushtarake cilësohet nga Këshilli i Ministrave institucioni i vetëm për kualifikimin e kuadrove të Ushtrisë, ndërsa në vitet ‘90 iu dha e drejta e propozimeve për tituj shkencorë, si “Profesor i Asociuar”, “Profesor” dhe “Drejtues i Kërkimeve Shkencore”. Kështu Akademia u bë një qendër e rëndësishme studimore-shkencore e përpunimit të mendimit shkencor ushtarak. Nga viti 1984 e deri sot, në Akademinë e Mbrojtjes janë mbrojtur mbi 130 doktoratura nga kuadro të fushave të ndryshme, shumica e të cilëve pedagogë e punonjës shkencorë të saj, midis tyre dhe “Profesorë të Asociuar” e “Profesorë”. Sot, në fushën e kualifikimit shkencor Akademia e Mbrojtjes, sipas ligjit të Arsimimit të Lartë, në Republikën e Shqipërisë, ka të drejtën të organizojë studime të thelluara pasuniversitare në fushën e Sigurisë e të Mbrojtjes të nivelit “Master”, organizimin e “Doktoraturës” dhe klasifikimin e punonjësve shkencorë.

Për realizimin e misionit Akademia bashkërendon punën e saj me institucionet e larta arsimore civile, strukturat e Shtabit të Përgjithshëm, Komandat e Forcave etj. Institucioni vazhdimisht është reformuar në formë e përmbajtje. Në vitin 1992 Akademia Ushtarake u emërtua Akademia e Shtabit të Përgjithshëm, për vetë misionin e përkohshëm që pati.

Më 4 prill 1995, në Akademinë e Mbrojtjes, u çel për herë të parë Kolegji i Mbrojtjes. Në këtë kolegj u përgatitën dhe u kualifikuan ushtarakë të lartë e civilë, si deputetë e gazetarë, me synim formimin e koncepteve bashkëkohore mbi komponentët e njësuar teorikë e metodologjikë të sigurisë e të mbrojtjes.

Nga viti 1996 Akademia e Mbrojtjes ka mbështetur arsimimin institucional të ushtarakëve dhe punonjësve civil me kursin Themelor të Oficerit të Shtabit, i cili vijon çdo vit me nga 2 kurse mësimore.

Në vitin 1998 rihapet Kursi i Shtabit të Përgjithshëm në sistemin 2-vjeçar dhe po në këtë vit, Akademia e Mbrojtjes u pranua anëtare me të drejta të plota në Konsorciumin e Akademive të Mbrojtjes dhe të instituteve të studimit e sigurimit të vendeve anëtare të NATO-s dhe PfP.

Në vitin 2004 Akademia e Mbrojtjes mori emri “Spiro Moisiu”. Po këtë vit miratohet statusi i Akademisë së Mbrojtjes “Spiro Moisiu”.

Në Akademinë e Mbrojtjes më datën  17.09.2007 u hap Kursi i Parë i Lartë për Sigurinë dhe Mbrojtjen (KLSM) me drejtuesve ushtarakë me grada të larta si dhe civilë në poste drejtuese nga vendi ynë dhe vendeve të tjera të Rajonit.

Akademia ka vijueshmëri dhe përputhje të plotë me politikën e re të arsimimit të FA sipas formatit perëndimor duke qenë pjesë e ndryshimeve dhe transformimeve të FA. Ajo bashkëpunon me institucionet arsimore brenda dhe jashtë vendit, si: Ministrinë e Arsimit dhe Shkencës, Universitetin e Tiranës, Universitetin Ndërkombëtar të Strugës, Universitetin e Durrësit, Universitetin Evropian të Tiranës, Universitetin “Illyria”, Qendrën “Franklin”, Qendrën “Hapësirë”, Qendrën “Marshall”, në Gjermani, Qendrën e Studimeve të Larta të Mbrojtjes (CASD) në Romë, Akademinë e Drejtimit të Hamburgut, si dhe akademitë e kolegjet e vendeve anëtare të NATO-s. Në këto vite në Akademinë e Mbrojtjes kanë lektuar si pjesë e procesit mësimor profesorë e ushtarakë të lartë nga vendi ynë e nga vende të ndryshme si: SHBA, Gjermani, Angli, Itali, Greqi, Turqi, Maqedoni, Rumani, Bullgari, etj.

Aktualisht, Akademia e Mbrojtes funksionon si një strukture e arsimimit dhe kualifikimit pasuniversitar me katër departamente: Departamenti i Strategjisë dhe Sigurisë Kombëtare, Departamenti i Operacioneve, Departamenti i Shkencave Shoqërore, Departamenti i Menaxhimit të Mbrojtjes & Udhëheqjes Ushtarake; si dhe dy qendra: Qendra e Doktrinave dhe e Manualeve si dhe Qendra e Gjuhëve të huaja.

Në Akademinë e Mbrojtjes zhvillohen këto kurse: Kursi Themelor i Oficerit të Shtabit (KTHOSH), Kursi i Avancuar i SHIU-t, Kurse afatshkurtra sipas nevojave të FA, Kursi i Komandës dhe Shtabit të Përgjithshëm (KKSHP), Kursi i Lartë i Oficerit (KLO), Kursi i Lartë për Sigurinë dhe Mbrojtjen, studime të avancuara për “Master“, dhe ”Doktoraturë”.

Në Qendrën e Gjuhëve të Huaja njëkohësisht zhvillohen programe të gjuhëve të huaja sipas standarteve të NATO-s në gjuhët: anglisht, gjermanisht, italisht, frengjisht, greqisht dhe turqisht.